Η Νάξος πρωτοκατοικήθηκε σύμφωνα με την παράδοση από Θράκες που έφεραν και τη λατρεία του θεού
Διόνυσου. Αυτούς που διαδέχθηκαν Κάρες και Ίωνες. Κέντρο του Κυκλαδικού πολιτισμού(3200-2100 π.Χ.),
όπως έδειξαν τα πλούσια ευρήματα των ανασκαφών (Γκρόττα), ήταν κατοικημένη στα Μυκηναϊκά χρόνια
(Απλώματα) και με την αποίκηση των Ιώνων (1000 π.Χ. περίπου) γνώρισε μια νέα περίοδο ακμής, που
κορυφώθηκε τον 7ο και 6ο π.Χ. αι. Στους Περσικούς πολέμους τάχθηκε εναντίον των Περσών, έγινε
μέλος της Αθηναϊκής συμμαχίας και στη συνέχεια πέρασε στους Μακεδόνες, τους Πτολεμαίους της
Αιγύπτου, τους Ροδίους και τέλος στους Ρωμαίους.Τη Βυζαντινή περίοδο δέχτηκε πολλές πειρατικές
επιδρομές με αποτέλεσμα οι κάτοικοι να τραβηχθούν στο εσωτερικό και να ιδρύσουν οικισμούς για την
προστασία των οποίων έχτισαν πύργους, από όπου αντιμετώπιζαν τους επιδρομείς.Το 1207 ο Μάρκος
Σανούδος κατέλαβε το νησί και το έκανε έδρα του Δουκάτου του (Δουκάτου της Νάξου ή του Αρχιπελάγους).
Το 1537 λεηλατήθηκε από τον Μπαρμπαρόσα και το 1566-1579 ανήκε στον Ιωσήφ Ναζή. Στη συνέχεια
κατακτήθηκε από τους Τούρκους και απελευθερώθηκε με τις υπόλοιπες Κυκλάδες.